Nederland eiste de soevereiniteit over Nieuw Guinea op met de reden dat zij het gebied Tidore al hadden bezet. Dit gebied vindt zich plaats op een Moluks eiland ten westen van Halmahera. In 1600 sloot de VOC een verdrag met dit sultanaat, waarbij ze haar protectoraat over de bevolking van Nieuw-Guinea erkende. Tidore heeft nooit gezag over Nieuw-Guinea uitgeoefend en moet dit protectoraat dan ook als een jurdische fictie worden beschouwen. In 1872 erkende Tidore de soevereiniteit van het Koninkrijk der Nederlanden en gaf het Nederland toestemming. Ze mochten hun bestuur te vestigen in zijn gebieden, wanneer de Nederlands-Indische regering daartoe de behoefte voelde.

De 141ste meridiaan werd als oostgrens gesteld en in 1898 ging de gemeente ertoe over bestuursposten te vestigen in Fakfak  en Manowarki en later in 1902 ook in Merauke. Dit gebeurde voornamelijk wegens gebiedsuitbreiding door de Britten en de Duitsers in het oosten. Ze wilde voorkomen dat Engeland en Duitsland de grens te veel naar het westen zouden opschuiven. Hiermee werd het eiland Nieuw-Guinea dus in tweeën gedeeld. In loop der tijd werdt het eiland nu Nederlands Nieuw- Guinea genoemd, hoewel Nederlands het grootste gedeelte van het eiland niet onder bestuur had. Men had weinig kennis over de binnenlanden. Ze wisten niet hoeveel inwoners er waren en hoe groot het eiland was.

De oorspronkelijke bewoners waren Papoea's. Ze bestonden uit vele stammen. De meeste Papoea's waren jager, boer of verzamelaar.  Aan de kust werd  heel kleinschalig handel gedreven met de Molukse eilanden. Hier wouden ze verandering in brengen door een exploitatiemaatschappij in 1932, maar die ontplooide niet veel activiteiten.